A Auditoria-Geral do Estado, vinculada à Controladoria-Geral do Estado – CGE-SC, é responsável pelo planejamento e implementação das atividades de fortalecimento do controle interno, auditoria, prevenção e orientação aos órgãos e entidades da Administração Pública Estadual. Possui cinco gerências: Gerência de Auditoria de Licitações e Contratos, Gerência de Auditoria de Recursos Antecipados, Gerência de Auditoria de Contas e Programas de Governo, Gerência de Auditoria de Pessoal e Gerência de Auditoria de Controle Interno e Gestão de Riscos.